Le cheval de Mérens est obligatoirement élevé en race pure, et les produits sont inscrits au titre de l'ascendance.
En France une centaine d'étalons agréés à la montée publique, nationaux ou privés, assurent les saillies ou l'insémination des juments. Le but de l'élevage est de produire des sujets dotés d'un bon modèle, aptes à l'utilisation et d'excellent caractère, en accord avec les objectifs de sélection.
Le modèle du cheval conditionne grandemment les aptitudes au déplacement. Les allures sont hautement héritables, et font à ce titre l'objet d'une notation spécifique chez les reproducteurs et chez tous les sujets présentés en concours de trois ans montés. Plusieurs phases de jugement sont primordiales dans la politique de sélection, menée en partenariat entre le SHERPA Mérens et les Haras nationaux.

Le concours épreuves, concernant les entiers de trois ans et plus, est la clé de voûte de la sélection dans la voie mâle. Complet dans ses épreuves (dressage, longe, attelage et cross, puis sélection au modèle), ce concours très sélectif est très souvent cité en exemple dans le monde du cheval.
Il décerne l'agrément à la monte publique et assure une progression constante pour les étalons qui servent de nombreuses juments.

Le pointage généralisé dans la race est une méthode analytique de jugement individuel des chevaux, dès l'âge de trois ans.
Il consiste en la description quasi photographique d'un sujet de service ou d'élevage, tant dans son type et son modèle (examen à l'arrêt), que dans ses allures (examen en mouvement).
Les chevaux de Mérens sont notés selon cind grands chapitres (impressions générale, type dans la race, modèle, allures, impression générale sous la selle ou produit si le cheval est un sujet d'élevage), soit près de vingt critères, entre 0 et 10.

Les juments poulinières sont particulièrement concernées et sont évaluées lors des concours d'élevage organisés par les Haras nationaux.

Le pointage a une double mission d'appréciation analytique et d'outil de communication à destination de l'éleveur. Ces derniers peuvent déceler les points forts ou faibles de leur jument, et rechercher chez un étalon le moyen d'améliorer, par l'accouplement raisonné, les caractéristiques des produits de cette jument.

À plus large échelle, le pointage permet de voir, au cours du temps, l'évolution des différents paramètres, et ainsi d'orienter la sélection.

Enfin, le niveau croissant des concours de trois ans montés permet d'évaluer le niveau de dressage de ces jeunes chevaux, qui peuvent dès lors satisfaire de nombreux amateurs du Mérens, aussi bien en chevaux de service qu'en élevage.

La race du cheval de Mérens est donc en constante progression zootechnique, tout en conservant ses qualités fondamentales.